La parte de atrás del DVD/Blu-Ray contiene la siguiente sinopsis:
"El desprecio temerario de los hermanos Elric a las normas de la alquimia les quito la mitad de las extremidades a Ed y dejó el alma de Al fijada a una armadura. Para recuperar lo perdido, los hermanos recorren un país asolado por la guerra en busca de la Piedra Filosofal, un objeto legendario que concede la habilidad de realizar alquimia en maneras imposibles.
Pero los Elric no están solos en esta búsqueda, el corrupto Estado Militar también está ansioso de poseer el poder del artifacto; y de igual forma lo están los Homúnculos y su misterioso creador."

En estos episodios los Elric están en una de sus investigaciones para encontrar una Piedra Filosofal cuando empieza a aparecer un misterioso asesino interesado en matar únicamente a los alquimistas nacionales. De este asesino lo único que se sabe es que tiene una gran cicatriz en forma de X en la frente, por lo que se le llama Scar.

Mientras tanto, los Elric visitan a Shou Tucker, el Alquimista de la Vida, por sugerencia de Roy Mustang, con el objetivo de obtener información de como regresar a la normalidad sus cuerpos. Shou en un experimento fusiona a su hija con su perro para crear a una Quimera, y por esto los hermanos deciden no relacionarse con él. En otro momento, Scar aparece tratando de matar a Edward, por lo que es inevitable un enfrentamiento entre los hermanos Elric y Scar. Scar consigue destruir una parte de la armadura de Alphonse y el brazo derecho (el Automail) de Edward, pero gracias a la intervención de los militares, no puede matarlo y termina escapando.

Tras ser atacados por Scar, los hermanos Elric tienen la necesidad de regresar a Resembool para realizar unas reparaciones. En el camino, encuentran al Dr. Marcoh, y ahí descubren que dicho doctor trabajó en la creación de la Piedra Filosofal, por ahora está incompleta. Tras varios días de investigación, Ed y Al consiguen descifrar unos textos y descubren un gran secreto: la Piedra Filosofal se hace de vidas humanas. En los escritos, Ed encuentra más información sobre el Laboratorio 5, un laboratorio sin uso cerca de una prisión, un sitio ideal para experimentar con vidas. Cuando van a investigar ahí, aparecen dos extrañas personas llamadas Lust y Gluttony que destruyen el lugar pero antes llevan a Ed y Al a un lugar seguro comentando que son "sacrificios importantes".

Después de que Winry arreglara el Automail de Ed, los tres deciden ir al pueblo de Dublith para visitar a su maestra de alquimia, Izumi Curtis y preguntarle información sobre la Piedra Filosofal. Mientras tanto Maes Hughes investiga los problemas en el Laboratorio 5 y de la pasada guerra de Ishval, descubriendo una conexión, pero es atacado por Lust. Se escapa y consigue telefonear a Mustang con una cabina pública para informarle del peligro que se esconde en el ejército, pero es asesinado por Envy. Mustang, muy triste por la muerte de su amigo, empieza a investigar y concluye diciendo que un alto miembro del ejército podría ser el responsable de su muerte.

Winry decide quedarse en un pueblo llamado Rush Valley para aprender más sobre el Automail. Los Elric hablan con su maestra sobre las Piedras Filosfales, ya que ella también rompió las normas de la alquimia para resucitar a su hijo. En ese pueblo se encuentran con Greed, un homúnculo que les explica las capacidades de estos, entre ellas la cercanía a la inmortalidad. Ed, Al e Izumi acaban peleando con Greed.